Vermutlich war die erste Rosenheimer Kirche ein romanischer Bau. Das Patrozinium des heiligen Nikolaus hängt mit der Innschifffahrt zusammen, deren Schutzheiliger er war. Bis 1603 war Rosenheim eine Filiale der Pfarrei Pfaffenhofen, erst dann wurde es selbstständige Pfarrei.
An die Stelle der ersten Nikolauskirche trat in der 2. Hälfte des 15. Jahrhunderts ein spätgotischer Bau, vermutlich als Folge des Stadtbrandes von 1469. Der Turm trug damals einen gotischen Spitzhelm.
Beim großen Stadtbrand am 3. Mai 1641 brannte die Kirche bis auf die Mauern aus, auch stürzte das Chorgewölbe ein. Im Zuge der Wiederherstellung wurde die Kirche im Stil der Zeit mit reichen Stukkaturen versehen. Der Turm erhielt die heutige charakteristische Form. Die Beschaffung der neuen Einrichtung zog sich lange hin. Seit dem Ende des 18. Jahrhunderts wurde die Kirche im klassizistischen Stil neu eingerichtet. Wegen des erheblichen Bevölkerungszuwachses wurde eine Erweiterung der Kirche notwendig, die 1880/81 erfolgte. Der alte Chor wurde abgebrochen und das Langhaus um drei Joche nach Osten verlängert. Der neue Chor mit der Sakristei entsprach in seiner Anlage dem alten. 1950 musste der Turm wegen Baufälligkeit abgetragen werden. Er wurde in der ursprünglichen Form unter Erhöhung um 2 Meter wieder aufgebaut und ist heute über 63 m hoch. 1963 erfolgte eine durchgreifende Innenrenovierung unter Beseitigung der neugotischen Ausstattung.
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